PCA分析是微生物菌群中常用的分析手段之一，但大部分的分析软件只能展示2维图。
不着急呢，R语言中pca3d包能帮你快速制作2D和3D的PCA图，一个包帮你解决PCA分析。
下面用详细代码教你分析步骤：
#安装相关包
install.packages("rgl")
install.packages("pca3d")
#加载包
library(rgl)
library(pca3d)
#载入自带的测试数据
data(metabo) #数据是三组个体血清代谢产物的相对丰度
dim(metabo) #数据集包含136行和424列
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table(metabo[,1]) #展示分组信息
## NEG POS TB
## 46 46 44
#开始PCA analysis
pca <- prcomp( metabo[,-1], scale.=TRUE) #数据选用所有的行及除第一列的数据（第一列为分组信息）
#制作2D的PCA图
pca2d( pca, group= metabo[,1] )
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#制作3D的PCA图
pca3d( pca, group= metabo[,1] )
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##同时3D的PCA图通过点击鼠标可以进行翻转等不同平面的操作
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##3D的PCA图增加椭圆
pca3d(pca, group=gr, show.ellipses=TRUE,
ellipse.ci=0.75, show.plane=FALSE)
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##3D的PCA可以通过改变背景，线图及点的方式呈现更加绚丽的图片
pca3d( pca, group= metabo[,1],
fancy= TRUE, bg= "black",
show.group.labels=TRUE,
axes.color= "white", new= TRUE )
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在微生物菌群分析中，PCA分析是我们必不可少的分析内容，R语言pca3d包能简单快速的帮我们制作2D，3D的PCA绚丽图片。
掌握pca3d包，
制作绚丽2D/3D图片！
更多干货，敬请期待！
Bye~Bye~