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2019-06-19浏览量:3336

微生物研究必备:Cytoscape绘制网络图(五)

——嘿,在干啥哩?

——还能干些啥!继续研究Cytoscape哩。

Cytoscape是一个专用于互作网络数据可视化的软件。上几次,我们介绍了Cytoscape软件下载和安装、数据导入技巧、节点属性、线属性设置方法。接下来,我们介绍网络图中网络设置和数据导出方法。

 

 

一、网络设置

 

通过网络设置(Style -> Network),可以设置整个网络图的背景色。如下:

二、图片导出设置

 

➢File  选择  Export as Image…

➢可在 Export File Format 中选择多种图片格式,如JPEG、PDF、PNG

➢JPEG、PNG格式可通过 Width、Height等设置图片宽、高

➢可通过 Browse… 设置输出路径

三、其他导出设置

 

网络图编辑完成,可以导出本次编辑好的网络图格式文件,便于下次进行调整。也可以导出 Cytoscape 的输入文件(cys格式),该文件保存了当前所有设置。导出方式是单击File 选择 Save/Save As…。如下:

除此之外,还可以保存本次编辑用到的节点文件、线文件等。如下:

➢Network:File 选择 Export 之后选择 Export Network to File

➢Table:File 选择 Export 之后选择 Export Table to File

➢Styles:File 选择 Export 之后选择 Styles…

通过微生物研究必备:Cytoscape绘制网络图系列教程,我们已经可以使用Cytoscape绘制自己的网络图了。

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